Cuando los corales se enferman y los biólogos acuden a estudiarlos. Parte 1

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Vamos a estrenar una etiqueta para algunos artículos. Llamémosla #ExplicaTuTesis. La idea será hablar de los proyectos de otros científicos en formación. La tesis es uno de los pasos finales para la obtención de un grado y suele representar el ultimo desafio blah blah. Para arrancar con esta etiqueta, les contaré sobre la tesis que estoy desarrollando actualmente.


En mi tesis busco entender un más sobre ciertos corales cuando se enferman y se ven afectados por la presencia de contaminantes en el agua, midiendo el comportamiento de ciertas moléculas que forman parte de su cuerpo.

Los corales son animales que se enferman como cualquier otro. Cuando están sanos, conviven con una inmensidad de bacterias que permanecen neutrales, sin causarle daños ni beneficios, mientras que un grupo más reducido efectivamente facilita algunas de sus funciones vitales. Por supuesto, también hay un grupo reducido que se comporta de manera agresiva y puede causar daños. Este grupo dañino, que podemos llamar potencialmente patogénico (es decir, que puede desatar una enfermedad si se lo permite) es mantenido a raya gracias a diferentes mecanismos como por ejemplo, pueden ser devoradas por el grupo de bacterias beneficiosas, pueden ser expulsadas físicamente del cuerpo del coral a través de la liberación de mucosidades (como nuestra nariz produce un exceso de mucosidad cuando nos resfriamos) o los recursos que requieren para vivir son consumidos por la enorme cantidad de las demás bacterias neutrales.

¿Cómo se rompe este equilibrio?

Cuando ocurre una situación de estrés por más tiempo de lo que el coral puede soportar. Por ejemplo, verse rodeado de contaminación por aguas negras, ser golpeado por anclas, y la más importante de todas: la exposición agua caliente por demasiado tiempo.

Por supuesto, cuando hablamos de caliente no podemos pensar en una referencia humana, no es la calidez del agua de la ducha. Debemos pensar “caliente” en términos de lo que un animal marino suele soportar y hoy en día, debido al cambio climático, las aguas de todo el planeta están aumentando su temperatura. Basta que el agua aumente de temperatura unos cuantos grados por varias semanas para que ocurran grandes mortalidades en los arrecifes de coral y los que sobreviven pueden quedar debilitados, momento en que las bacterias patógenas aprovechan para reproducirse. Este escenario se vuelve más complejo porque lo común es que no exista una sola situación de estrés para los corales.

¿Quién estudia todo esto?

Los biólogos marinos han venido estudiando las enfermedades coralinas desde hace 50 años. Se ha descubierto que los corales cuentan con un repertorio de mecanismos de defensa e inmunidad contra enfermedades, y también con una cantidad de procesos de desintoxicación cuando se ven en presencia de aguas contaminadas. Pero ambas situaciones en conjunto no se han evaluado hasta ahora, y es en ese punto de encuentro donde desarrollo mi tesis.

Para responder esta pregunta cuento con el apoyo del Laboratorio de Ecología Experimental (LEE) y el Centro de Estudios Ecotoxicológicos en Ambientes Marinos (Cetoxmar), ambos en la Universidad Simón Bolívar. Con la colaboración de ambos, planteamos un experimento de contaminación controlada en acuarios, en el cual exponemos grupo de fragmentos de corales sanos y corales enfermos a dos contaminantes: Antraceno y Cadmio. El antraceno es un hidrocarburo que aparece como prodcuto en muchas reacciones químicas, esto hace que se le pueda encontrar en la industria química, pero también en fuentes más insospechadas como el humo del cigarrillo o la fumata papal. El Cadmio es un elemento de la tabla periódica, miembro del grupo de los metales pesados. En un país como Venezuela, que cuenta una industria petrolera, estas dos sustancias son ejemplos de indicadores de contaminación en las aguas.

El primer paso luego de definir el experimento y contar con los permisos necesarios, fue por supuesto la recolección de los corales.

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El coral que ven en la imágen se llama Orbicella faveolata, es una especie que ha sido clasificada por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza como en peligro. Sus poblaciones han decaído principalmente debido a los brotes de enfermedades, en particular, la enfermedad de banda amarilla, la cual es mi objeto de estudio.

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Estos fragmentos fueron transportados al laboratorio, donde ya teniamos preparados los acuarios para preparar el experimento. Cada fragmento se colocó en su propio acuario, con su respectiva provisión de aire y un conjunto de lámparas que les proveen iluminación adicional.

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Antes de arrancar, debimos dejar los corales en aclimatación. Un periodo en el cual los corales permanecerán en sus acuarios a las condiciones de temperatura e iluminación del laboratorio, luego de lo cual, comenzamos con la contaminación. La idea de esto es que el desempeño no se vea alterado por el traslado desde el mar. Puedes compararlo con los equipos de fútbol que deben viajar a ciudades a grandes alturas y se preparan con antelación para acostumbrarse a la temperatura y al aire de la localidad. Luego de este periodo de preparación, los corales fueron sometidos a la contaminación, la cual les describiré en la segunda parte de este post.


Hablemos de resfriados, estornudos y cabellos mojados

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¿Mojarnos por la lluvia, salir o dormir con el cabello mojado, o tener los pies mojados hará que nos enfermemos? La respuesta corta es no. No hay una relación causa-efecto directa entre mojarse total o parcialmente y sufrir una gripe o resfriado. Sin embargo sí existe toda una serie de factores que influyen indirectamente en esta relación.

El resfriado es causado por un virusB0006938 Common cold virus

O una gran cantidad de virus. Se señalan alrededor de 200 tipos de virus que son causantes del resfriado. La gran mayoría (entre 50 y 80%) son causados por un grupo llamado los Rhinovirus (1,2). Esto tiene algunas implicaciones, como por ejemplo el hecho de que tomar antibióticos no contribuye a aliviarte del resfriado común.

Durante las estaciones lluviosas o más frías, más gente se enferma

Sí, pero es un problema de tasas de contagio y densidad de personas susceptibles. Cuando comienzan las lluvias es más probable que te contagies porque usualmente pasas más tiempo rodeado de personas, y también de una mayor cantidad de personas: podrías quedarte más tiempo en casa o en el trabajo esperando que la lluvia pase. Si el mal tiempo te sorprende en la calle, estarás con un cúmulo de personas refugiándote. Este mayor contacto aumenta las oportunidades de que una persona resfriada transmita el virus a los que le rodean.

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Es más probable que alguien de la foto se contagie mientras espera allí.

¿Y el cabello o los pies mojados?

Se han hecho experimentos en los que colocan un grupo de voluntarios con los pies en agua y otro grupo con los pies secos en un recipiente sin agua. A ambos se les evaluaron los síntomas que sintieron en los días siguientes. La idea es que si el tener los pies mojados causara resfriado, entonces se esperaría que al final la mayoría de los voluntarios con los pies mojados se enfermaran.

El resultado fue que los que tuvieron los pies mojados no se enfermaron más que los de los pies secos. Y aunque un pequeño número de ambos grupos se enfermó, se encontró que estas personas naturalmente ya sufrían más resfriados al año que el promedio (3).

¿Pero influye la temperatura en algo?

En una zona muy específica: la naríz. La temperatura promedio del cuerpo es de 37 °C y se ha encontrado que a bajas temperaturas (33-35 °C), las células del interior de la nariz que se encargan de detener patógenos, tienen una respuesta menos eficiente y por lo tanto el virus tiene mejores oportunidades de producir la enfermedad (4).

¿Qué se puede hacer entonces?

El estornudo es un mecanismo del cuerpo para expulsar agentes extraños de la nariz, y desafortunadamente, también una de las formas más fáciles de propagar el virus. El virus viaja en las mucosidades que expulsamos al toser y estornudar, puede sobrevivir en la piel de las manos  y en superficies durante horas (5). Por ello dos de las principales medidas para prevenir contagiar a otros es cubrirte adecuadamente al momento de toser y estornudar. Y para minimizar las oportunidades de contagiarte, mantén tus manos limpias, ya que son la principal superficie de contacto entre tu cuerpo y otras personas. ¿Quieres ver cuanta diferencia hace? Fíjate en las siguientes animaciones que se desprenden de un estudio científico. Es una técnica llamada umbrascopía, que permite ver las partículas traslúcidas con base en la sombra que proyectan (6):

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Así puede lucir un estornudo sin ningún tipo de bloqueo
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Si te cubres con el puño cerrado sólo bifurcas el flujo de mucosidades, no ofrece mayor bloqueo.
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Si nos cubrimos por completo la boca, podemos detener casi todas las partículas

Si usamos un pañuelo completamente abierto.
O un tapabocas, minimizamos la posibilidad de contagiar a otros.

Referencias

  1. Mäkelä, Mika J., et al. “Viruses and bacteria in the etiology of the common cold.” Journal of clinical microbiology 36.2 (1998): 539-542.
  2. Eccles, R. (2002). Acute cooling of the body surface and the common cold. Rhinology, 40(3), 109-114
  3. Johnson, C., & Eccles, R. (2005). Acute cooling of the feet and the onset of common cold symptoms. Family Practice, 22(6), 608-613.
  4. Foxman, E. F., Storer, J. A., Fitzgerald, M. E., Wasik, B. R., Hou, L., Zhao, H., … & Iwasaki, A. (2015). Temperature-dependent innate defense against the common cold virus limits viral replication at warm temperature in mouse airway cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 112(3), 827-832.
  5. W. Tang, Julian; D. G. Nicolle, Andre; Pantelic, Jovan; Jiang, Mingxiu; Sekhr, Chandra; K. W. Cheong, David; Wai Tham, Kwok (2011): Qualitative Real-Time Schlieren and Shadowgraph Imaging of Human Exhaled Airflows: An Aid to Aerosol Infection Control. figshare. http://ift.tt/2j2RFOE
  6. L’Huillier, A. G., Tapparel, C., Turin, L., Boquete-Suter, P., Thomas, Y., & Kaiser, L. (2015). Survival of rhinoviruses on human fingers. Clinical Microbiology and Infection, 21(4), 381-385.

Cuatro alternativas para que las bibliografías y referencias dejen de ser una molestia

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    Un paso crucial en la redacción de índole científica o informativa es el de citar y referenciar correctamente las fuentes que hemos usado, pero si no contamos con algún mecanismo o herramienta de apoyo, esta tarea puede ser abrumadora y agotadora. No sólo debemos mantener un formato bien específico, sino que debemos verificar que todas y cada una de las citas del texto aparezcan en la lista final, con un orden determinado por el estilo que elegimos -o nos indica el revisor/profesor-.

     De manera anecdótica, hasta ahora no he conocido una persona que se jacte de disfrutar verdaderamente la preparación y revisión de la lista de referencias. Por otra parte, he visto diferentes situaciones que surgen como consecuencia de realizar este proceso sin la ayuda de algún programa especializado, por ejemplo, compañeros que han invertido casi tanto o más tiempo en la preparación y corrección de las referencias, que haciendo correcciones en el resto del borrador. En otros casos, en trabajos con múltiples autores, he visto como la lista de referencias es la tarea que algunos evitan a toda costa y es relegada a los coautores de menor contribución  (encargo que por supuesto no es bien recibido).

     Como en muchos otros casos, hoy en día contamos con una enorme disponibilidad de programas de computadoras que nos facilitan radicalmente esta tarea. En este caso podemos hablar específicamente de los manejadores de referencias. Un manejador de referencias es un programa que te permitirá mantener una colección de referencias ordenada de acuerdo a sus metadatos y que te permitirá automatizar totalmente la tarea de citar esas referencias mientras escribes tu documento científico. Vamos a ver algunos de ellos, que se diferencian en el estilo de trabajo que implican:

Google scholar

     ¿Google scholar? En efecto. El buscador de artículos científicos puede ser usado como un manejador de referencias. Te ofrece la ventaja de que no implica la instalación de programas en tu computadora, es una de las alternativas más rapidas y sencillas.

     Para usarlo como manejador basta con buscar la referencia que te interesa. Debajo del texto de resumen podrás ver dos opciones: Citar y a su lado, Guardar. Si haces clic en citar, te devolverá la cita de la referencia en tres formatos ampliamente usados, la cual puedes copiar y pegar en tu documento de texto. Si haces clic en guardar, te pedirá entrar a tu perfil (si aún no existe) y almacenará la referencia seleccionada en tu biblioteca, a la cual podrás acceder en el menú de la izquierda. En esta biblioteca aparecerán todas tus referencias guardadas, y podrás exportarlas en lote o etiquetarlas para darles mayor organización.

google_scholar

Ventajas

  • Puedes realizar toda la operación desde tu navegador.
  • No requiere instalar programas adicionales.
  • Ofrece el mínimo de funciones para citar, ideal si no te interesa mantener una colección ordenada y si no buscas aprender a usar un programa nuevo.

Desventajas

  • Sólo te permite citar en tres estilos: APA, ISO 690, y MLA.
  • Si prefieres una colección ordenada, la opción de etiquetado no será suficiente.
  • El proceso de copiar y pegar seguirá siendo altamente susceptible a que te equivoques y omitas alguna referencia. Otras alternativas te ofrecen mayor automatización.

Mendeley

Anteriormente hemos hablado de Mendeley como herramienta para encontrar nuevos papers (en este post). Ahora vamos con su función primaria, que es ser manejador de referencias. Este manejador se ha mantenido como mi manejador primario, principalmente por su función integrada de respaldar tus PDF, y por sus funciones de sugerencia de nuevos papers. Se integra perfectamente con los principales procesadores de texto en Windows, Linux, o Mac OS; y también cuenta con sus versiones móviles. Es ideal para mantener una colección ordenada y en crecimiento y si te gusta resaltar y añadir anotaciones a los PDF. Puedes consultar más o descargarlo en este enlace.

Ventajas

  • Te permite citar fácilmente mientras escribes en Microsoft Office o en LibreOffice.
  • Respaldará tu colección de PDF automáticamente en su nube, a la cual podrás acceder en cualquier lado o en cualquier equipo.
  • Si mantienes tu colección ordenada, te recomendará nuevos artículos con base en los que se encuentran en tu biblioteca.
  • Te da algunas facilidades para automatizar la correcta identificación de tu colección.
  • Permite agregar referencias desde el navegador a tu biblioteca.
  • Permite agregar todos los archivos que agregues a una o varias carpetas de tu equipo.
  • Permite anotar y resaltar los archivos.

Desventajas

  • Si cuentas con muchos archivos escaneados o no muy recientes, deberás corregir sus metadatos manualmente.
  • Si tu colección es muy amplia, necesariamente deberás invertir algo de tiempo inicialmente para verificar que se encuentran en orden.
  • Requiere que abras una cuenta (aunque es gratuita) en su página para usar sus servicios.
  • Su función de crear grupos de trabajo es muy limitada tanto en miembros, como en contenido para la versión gratuita.

Zotero

Zotero es una de las principales alternativas a Mendeley, especialmente si buscas alternativas de código abierto. Originalmente fue concebido como una extensión del navegador Mozilla Firefox, y progresivamente ganó funcionalidades hasta llegar a tener un manejador independiente para el escritorio. A diferencia de Mendeley, no cuenta con mucho espacio gratuito para respaldar tus archivos, pero este inconveniente puedes solventarlo si respaldas tu carpeta de papers en algún otro servicio como Google Drive, Dropbox, Onespace, o cualquier otro similar. Haz clic en este enlace para saber más o instalar Zotero.

Ventajas

  • Puede identificar automáticamente una mayor cantidad de recursos que Mendeley.
  • Su integración con el navegador Mozilla Firefox puede facilitar enormemente la adición de referencias a tu biblioteca mientras navegas.
  • Está respaldado por una comunidad dedicada a mantener el proyecto abierto.

Desventajas

  • No cuenta con un lector de PDF integrado, por ende, tampoco podrás resaltar y comentar de manera nativa.
  • No cuenta con las funciones adicionales que te ofrece Mendeley, las cuales deberás implementar usando aplicaciones de terceros.

F1000 workspace

Esta tercera opción representa un gran paso para el trabajo colaborativo. Si has usado Google Docs, reconocerás sus virtudes. Si no, podemos decirte de manera resumida que se trata de un procesador de texto como Word o LibreOffice, pero que se mantiene 100% en la nube. Sólo basta tener una cuenta Gmail para poder usarlo. Además de que no dependes de descargar una aplicación, tiene funciones como guardado automático, una poderosa herramienta de control de versiones, y la posibilidad de ser compartido para que múltiples autores puedan editar de manera simultánea.

Hasta ahora tenía como desventaja la ausencia de un complemento para manejar eficientemente las citas y bibliografías. Si no tienes manejador de referencias, y te atrae la idea de mantener todo en la nube, puedes optar por F1000work para empezar a organizar tu colección. Si ya tienes otro manejador y deseas probar, puedes importar perfectamente tu colección ya existente. Además se integra sin problemas con los procesadores de texto de Microsoft y LibreOffice. En este enlace podrás comenzar a utilizar F1000 Workspace.

Ventajas

  • Permite tener un entorno totalmente en la nube. Sin nuevas aplicaciones descargadas a tu computador.
  • Te permite importar tu colección ya existente en otro manejador.
  • Te permite agregar nuevos trabajos a tu biblioteca directamente desde el navegador.
  • Se integra con los principales proceadores de texto, incluyendo Google docs.

Desventajas

  • Su uso para citar y hacer la bibliografía es ligeramente más lento que los otros manejadores.
  • Requiere abrir una cuenta adicional en F1000.
  • Puede ser menos amigable que los otros manejadores al principio.

Dicho esto, aclaro que estos son sólo algunos de los manejadores de referencia que personalmente he usado. Estas tres opciones tienen en común su gratuidad, por lo que otras alternativas también de gran calidad, pero que sólo puedes usar pagando una licencia (como Papers o EndNote) no les he tomado en consideración. Si ninguno te convence, puedes consultar este artículo de Wikipedia que compara una lista significativamente más extensa y de manera más objetiva.